笔者需要调用R包的DESeq2的时候，需要在无root权限在安装这一包，并调用他进行分析。然后，管理员却只允许安装在自己的目录下，且不给系统权限（仅允许酌情安装部分系统级层面的依赖）。那么，笔者必然要自己折腾一下如何安装这些包了。
二 调用
(资料图片仅供参考)
2.1 调用指定位置的R包
首先，这关系到了笔者安装到指定位置之后，能否调用的问题。需要指出的是，在linux环境下，只需要通过export指定R包的使用路径即可（是不是超级简单）
2.2 R包安装
需要说明的是R包安装有两种方式，一种是使用BiocManager安装，一种则是直接安装。其中，前者是某些生物信息学分析包如DESeq2指定的安装的方式，后者则是大部分常用R包的安装方式。
为了方便大家调用，我直接将两种R包安装方式以脚本的形式给出（是不是超级贴心）。
BiocManager安装脚本（BiocManager_package_install.R）如下
常规安装脚本（package_install.R）如下
到这里，读者可能好奇，为啥安装包还需要使用脚本，这是因为在linux系统下，如果每次安装包都需要直接在R的环境下安装，不免有些麻烦。因此读者需要将两者安装方式以脚本形式写出，这样下次安装脚本可以直接使用命令行操作即可。比如，我们需要安装DESeq2，需要安装两种包，一种是BiocManager包
之后，再安装DESeq2包
2.3 其他问题
当然，有些部分还是需要在root权限下完成的，比如某些R包需要在系统层面安装某些依赖。如本文的DESeq2，就需要在系统层面上安装libcurl4-openssl-dev、libssl-dev、libxml2-dev。这部分的话需要读者联系系统管理员进行安装（这些库也是需要包需要调用的必备软件，系统管理员必然会同意安装，不然，就自己买个服务器吧）。
三 惯例小结
如何将linux系统调教成自己顺手的系统，也是一个比较折腾的活。不过好在笔者在管理系统的时候喜欢折腾。当然，折腾的途中也会继续记录其中遇到的坑，方便后续其他读者跳过这些坑。
最后，也感谢每一位读者的支持与鼓励，本公众号也会在自己觉得正确的道路上坚持下去的（非常谢谢这位读者的鼓励）
四 公众号其他资源（方便读者使用）
本公众号开发的相关软件，Multi-omics Hammer软件和Multi-omics Visual软件欢迎大家使用。
Multi-omics Hammer软件下载地址：
https://github.com/wangjun258/Multi-omics-Hammer
Multi-omics Visual软件下载地址：https://github.com/wangjun258/Multi_omics_Visual/releases/tag/Multi_omics_Visual_v1.03
PS：因为本软件是用python脚本撰写，调用了部分依赖包，用户首次使用需要安装python以及对应的包，安装之后便可永久使用。
下面是本号在其他平台的账户，也欢迎大家关注并多提意见。
简书：WJ的生信小院
公众号：生信小院
博客园：生信小院
最后，也欢迎各位大佬能够在本平台上：1传播和讲解自己发表的论文；2：发表对某一科研领域的看法；3：想要达成的合作或者相应的招聘信息；4：展示自己以寻找博后工作或者博士就读的机会;5:博导提供博后工作或者博士攻读机会，都可以后台给笔者留言。希望本平台在进行生信知识分享的同时，能够成为生信分析者的交流平台，能够实现相应的利益互补和双赢（不一定能实现，但是梦想总得是有的吧）。
五 每日一图（源自Stable-diffuse创作）
相关新闻
保险时讯
10-21
10-21
10-21
10-21
10-21
10-21
10-21
10-21
10-21
10-21
